Στις περισσότερες περιπτώσεις μία θεραπεία δεν είναι αρκετή για να θεραπεύσει τα πρωκτικά κονδυλώματα. 

Η χειρουργική αφαίρεση έχει υψηλά ποσοστά καθαρισμού των κονδυλωμάτων (71 - 100%) και χαμηλά ποσοστά επανεμφάνισής τους (8- 9%). Η καυτηρίαση είναι η παροχή ρεύματος υψηλής τάσης στη δερματική κάκωση περιπρωκτικά, ή μέσα στον πρωκτό, με τη χρήση ειδικής διαθερμίας, μέχρις ότου να εξαλειφθεί η βλάβη.  Συνήθως είναι αποτελεσματική, με ποσοστά καθαρισμού μέχρι και 94%, και ποικίλα ποσοστά επανεμφάνισης.
Η συχνή παρακολούθηση είναι πολύ σημαντική, γιατί ο ιός μπορεί να εξακολουθεί να υπάρχει και να προκαλέσει νέα πρωκτικά κονδυλώματα. Οι επισκέψεις για παρακολούθηση είναι αναγκαίες για πολλούς μήνες, ακόμα και όταν δεν υπάρχουν ορατά κονδυλώματα.

Στο ιατρείο μας συνιστούμε και εφαρμόζουμε μηνιαία εξέταση μέχρι την συμπλήρωση 8 μηνών χωρίς υποτροπή. Αν τα κονδυλώματα δεν θεραπευτούν πιθανόν να δημιουργηθούν σοβαρά προβλήματα.Σπάνια, τα κονδυλώματα αυτά μπορεί να μεταλλαχθούν σε καρκίνο, γι’ αυτό είναι σημαντικό οι ασθενείς να πραγματοποιούν τις επισκέψεις για παρακολούθηση που τους προτείνει ο γιατρός.

Πως μπορεί να προληφθεί η εξάπλωση των πρωκτικών κονδυλωμάτων;
Υπάρχουν πολλοί τρόποι για να εμποδίσουμε τον ιό να εξαπλωθεί:
 - Εξέταση και αντιμετώπιση τυχόν ευρημάτων στους σεξουαλικούς συντρόφους.
 - Αποχή από τη σεξουαλική δραστηριότητα μέχρι να ολοκληρωθεί η θεραπεία.
- Χρησιμοποιείτε προφυλακτικά. Προσφέρουν σημαντική , αλλά όχι πλήρη, προστασία.

Δεδομένου ότι τα πρωκτικά κονδυλώματα είναι ιδιαίτερα μεταδοτικά θα μειώσετε τις πιθανότητες επανεμφάνισής τους, αν οι παραπάνω μέθοδοι ακολουθούνται μετά από την αρχική αντιμετώπισή τους, είτε με καυτηρίαση, είτε με χειρουργική αφαίρεση.