Η χρήση προφυλακτικού συνιστάται, γενικά, για την πρόληψη των σεξουαλικώς μεταδιδομένων νοσημάτων. Όταν ο σεξουαλικός σύντροφος είναι καινούργιος και με άγνωστο σεξουαλικό ιστορικό, η χρήση του προφυλακτικού είναι επιβεβλημένη. Η πρακτική αυτή θα έσωζε αναρίθμητες ζωές, από επικίνδυνα και θανατηφόρα σεξουαλικώς μεταδιδόμενα νοσήματα, κυρίως AIDS και ηπατίτιδες.
Η μόλυνση, ακόμη και από ογκογόνα στελέχη του HPV δεν έχει άμεσο κίνδυνο για τη ζωή μας, μπορεί όμως, έστω σε λίγες περιπτώσεις, να αποτελέσει αίτιο καρκινογένεσης μακροπρόθεσμα.

Η χρήση προφυλακτικού περιορίζει μεν μέχρι και 70%, αλλά δεν αποκλείει εντελώς τον κίνδυνο μετάδοσης των HPV. Οι αιτίες είναι, ότι αφενός το προφυλακτικό δεν καλύπτει όλη την επιφάνεια του πέους και αφετέρου η μόλυνση από τους HPV είναι περιοχική και υπάρχουν συχνά μη ορατές αλλοιώσεις σε όλο το κατώτερο γεννητικό σύστημα, στο περίνεο και στην περιπρωκτική χώρα.
Το προφυλακτικό δεν καλύπτει πλήρως από τον κίνδυνο μετάδοσης HPV, η χρήση του όμως συνιστάται, έστω και για τη μερική προστασία που προσφέρει.
Η χρήση προφυλακτικού εκτός από τη μείωση του κινδύνου πρωτομόλυνσης από HPV, μειώνει και τα ποσοστά υποτροπών των αλλοιώσεων μετά τη θεραπεία, προφανώς λόγω μείωσης του σεξουαλικώς μεταδιδομένου ιϊκού φορτίου.
Η χρήση προφυλακτικού και ο περιορισμός του αριθμού των σεξουαλικών συντρόφων είναι αναμφίβολα μια καλή πρακτική.